广州生物与健康产业高性能计算应用平台

生物云超算高性能计算应用软件集成平台的建设,将使我市所有生物医药企业、大学和研究机构都能各得其所。通过生物云超算平台建设,将使生物医药行业不必重复建设分子设计实验室就能得到高精度的设计服务,来指导日益普及的高通量筛选、高通量制造和合成;将可实现生物医药行业实验室自动化管理、实验资源共享、生物医药研发信息处理自动化远程化,平台将是生物科技园区的建设、各个新兴生物高科技企业和大型生物科技研发机构信息集约化管理必不可少的共性需要。平台的建成将使生物医药行业不必重复建设超算中心、不必重复购买大型生物医药设计软件和数据库,但仍能获得生物超算、云存储、云检索、云设计服务,使我市生物与健康产业的创新水平获得极大提高。同时生物云超算平台的建设,也将刺激生物设计软件的新需求,加速这些软件的国产化,带动我省软件行业新发展,并走出国门。

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虚拟筛选

现代药物发现中使用虚拟筛选发现新的先导化合物已成为一种普遍的做法。其基本途径为通过对蛋白质的结构分析,选定适当的药物靶点,针对该靶点利用现有的小分子库进行一对一的模拟分子对接,然后预测小分子的构象和结合亲和力。基于分子对接的小分子化合物的虚拟筛选是目前最有潜力的药物开发工具,可以有效的节约时间和费用,辅以计算辅助药物设计,基本可以确保发现新的先导化合物。

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基因测序及分析

通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line突变,结构变异-SNV,包括重排突变以及SNP的座位;针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析;我们将分析基因功能(包括miRNA),重组率(Recombination)情况,杂合性缺失(LOH)以及进化选择与mutation之间我们将在基因组学以及比较基因组学,群体遗传学综合层面上深入探索疾病基因组和癌症基因组。

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蛋白质分析

蛋白质组学研究比基因组学研究更接近实用,有着巨大的市场应用前景,尤其是在制药方面,蛋白质组学已经成为西方各主要发达国家、各跨国制药集团竞相投入的热点。蛋白质组学将成为寻找疾病分子标记和药物靶标最有效的方法之一。因此,我们在蛋白质组学研究中开展了大量工作,我们有专业的蛋白质结构研究专家,可以为您提供全面的蛋白质相关分析,为您提供最满意的服务。

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生物医学数据库

随着生物数据量的迅猛增长,数据库的数目也越来越多并且各具特色,根据不同用户的需求构建个性化的数据库也是我们的服务之一。广州超算中心以高性能计算机系统、高性能存储设备、和高性能网络环境等资源为基础,软硬件资源雄厚。这为我们构建不同需求的个性化数据库提供了强有力的支持。

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  • 分子对接(molecular docking)

    分子对接(molecular docking)是依据配体与受体作用的“锁-钥原理”(lock and key principle),模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用。配体与受体相互作用是分子识别的过程,主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。通过计算,可以预测两者间的结合模式和亲和力,从而进行药物的虚拟筛选。分子对接首先产生一个填充受体分子表面的口袋或凹槽的球集,然后生成一系列假定的结合位点。依据受体表面的这些结合点与配体分子的距离匹配原则,将配体分子投映到受体分子表面,来计算其结合的模式和亲和力,并对计算结果进行打分,评判配体与受体的结合程度。

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  • 生物医药网络文献挖掘系统GenCLiP 2.0

    主要功能是基因的功能注释和分子网络构建,为广大生物医学研究人员提供一站式的服务,并且可以充分依靠他们的专业知识进行信息的深度挖掘。从单个基因检索到批量基因分析;从基因的人工注释到文献关键词自动注释;从自动的文献关键词注释到手动添加自由词注释;词相关基因搜索从基于摘要到基于句子的共发生;从基因网络的自动构建到人工构建自由词的基因网络;从批量基因的模糊聚类到平均连锁等级聚类...

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  • 人类ORF标注数据库/疾病基因分类数据库

    人类全长蛋白编码开放阅读框(ORF)标注数据库是建立在ORF序列基础上的一个具有科学与经济价值的分子生物学数据库。它关联了大量的遗传疾病相关基因信息、医学和分子生物学文献信息以及单碱基多态(SNP)信息和已经有确定蛋白高级结构的信息,可对从事生命科学、医药科学研究的工作者提供参考。疾病基因分类数据库是根据PubMed中的对各种人来基因的功能描述,将30,000余条人类全长基因ORF序列,映射到疾病分层框架模块中,构建一个基于疾病的基因分类数据库.

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