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蛋白质分析


蛋白质是遗传基因的一种功能性单位。蛋白质是由20种氨基酸按照基因的编码通过肽键连接起来的多肽链，蛋白质的结构和功能取决于蛋白质氨基酸的排列顺序和翻译后的修饰。通过对氨基酸序列的分析，可以预测蛋白质的功能。随着近年来研究的深入，可以预测的内容包括：蛋白质的二级结构，信号肽（signal peptide），模序（motif），结构域（domain），活性中心（catalytic domain），跨膜区（transmembrane domain），蛋白质三级结构同源建模（homologue modeling ）等。随着PDB数据库中解析的蛋白质结构数量的增加以及各种蛋白质结构比对算法的发展，人们对蛋白质结构的特征有了更深入的了解，在蛋白质三维结构的基础上，分析蛋白质的结构特性，寻找潜在的药物靶点，对于创新药物研发非常重要。

分析工具


DALI Sever
（http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server/ ）
提供蛋白质三维结构比对服务。

PDBeMotif
（http://www.ebi.ac.uk/pdbe-site/pdbemotif/ ）
结合蛋白质序列、化学结构和3D数据对PDB数据库进行快速检索，提供蛋白质保守结构特征、结合位点特征、活性位点特征等。

WHAT IF
(http://swiftNaNbi.ru.nl/servers/html/index.html )
提供一系列蛋白质结构分析服务。

PDBeFold/SSM
（http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/ ）
提供蛋白质三维结构相似性检测和结构比对。

ProFunc
（http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/profunc/index.html ）
依据蛋白质的序列和结构信息来预测蛋白质的功能。

PIC
（http://pic.mbu.iisc.ernet.in/ ）
根据经验或半经验规则计算蛋白质中不同种类的相互作用。

ConSurf Server
（http://consurf.tau.ac.il/ ）
基于序列相似性预测蛋白质或结构域表面重要功能区域。

StrucTools
（http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html ）
基于PDB结构信息进行结构生物学中的常规计算。

CAVER
（http://www.caver.cz/ ）
分析并可视化蛋白质结构中的孔道。

eF-surf
（http://ef-site.protein.osaka-u.ac.jp/eF-surf/top.do ）
展示蛋白质分子三维结构表面的电势。

IBIS
（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ibis/ibis.cgi ）
预测生物分子间的相互作用。

Pocket-Finder
（http://www.modelling.leeds.ac.uk/pocketfinder/ ）
预测蛋白质结构中的口袋结构。

FINDSITE
（http://cssb.biology.gatech.edu/findsite ）
预测蛋白质中配体结合位点。

ProPred
（http://www.imtech.res.in/raghava/propred/ ）
预测抗原序列中MHC-Ⅱ结合区域

Catalytic Site Atlas
（http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/ ）
酶活性位点数据库。

FunClust
（http://pdbfun.uniroma2.it/funclust/index2.py ）
鉴定非同源蛋白质中的功能基序。

RASMOT-3D
（http://biodev.extra.cea.fr/rasmot3d/ ）
搜索一组蛋白质基序中有相似拓扑的残基。

Proface
（http://resources.boseinst.ernet.in/resources/bioinfo/interface/ ）
分析蛋白质相互作用界面的物理化学性质。

LIGPLOT
（http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LIGPLOT/ ）
自动生成蛋白质与配体的相互作用图。

SABLE
（http://sable.cchmc.org/ ）
基于序列预测未知结构蛋白质可及性表面区域、二级结构和跨膜结构域。

DiANNA
（http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/DiANNA/ ）
二硫键预测。
DSDBASE
（http://caps.ncbs.res.in/dsdbase//dsdbase.html ）
二硫键信息数据库。
MetalDetector
(http://metaldetector.dsi.unifi.it/v2.0/ )
基于序列信息预测蛋白质中的金属结合位点。