生命科学研究者经常需要根据微阵列、基因芯片、蛋白芯片等高通量检测得到的差异表达来探索疾病的发病机理、药物的作用机理、调控通路和关键靶点等。广州生物医药公共服务平台（物医药网络文献挖掘系统（GenCLiP 2.0）是以满足上述需求为目标而建设的专业分析平台。本期《信息港》专题推出GenCLiP 2.0，介绍其功能、特点及其在生命科学研究中的应用。
　　 生物医药网络文献挖掘系统（GenCLiP 2.0）已正式推出，欢迎各界朋友登录使用，请点击 广州生物医药公共服务平台

　　　广州生物医药公共服务平台生物医药网络文献挖掘系统（GenCLiP 2.0）可以帮助科研人员快速查询特定疾病/功能与相对应的多个基因的文献资料，实现基因的功能注释和分子网络构建。不只是单个基因检索或批量基因分析，还有对基因的人工注释和文献关键词的自动注释，更有是从自动的文献关键词注释到手动添加，GenCLiP 2.0能为科研人员提供专业的智能分析和文献挖掘服务。(详情...)

　　生物医药研究人员对某种病征进行研究时，往往需要面对数百个与病征相关的基因，而具体研究其中某几个目标基因时，则需要对目标基因进行多种组合，然后再进行文献检索。这种关键词组合和文献检索方式对研究人员造成了极大的负担。为了解决这一困局，GenCLiP 2.0在建立一套行之有效的文献挖掘和分析的技术基础上，有效地帮助研究人员快速的查找目标基因组合的已有文献。(详情...)

　　 GenCLiP 2.0是广州生物医药公共服务平台和南方医科大学研究人员在单机版文献挖掘软件基础上，建立的一个生命科学文献挖掘网络系统。该系统通过在海量生物医药文献数据库中智能提取信息，并将信息组织成独特的关联性网络，帮助科研人员迅速地捕捉最前沿的文献信息、更深入地理解其研究对象的行为及其相互作用，从而以更经济的方式判断昂贵的高通量检测结果的可靠性，推测疾病发病机理及药物作用机理等，构建特定关键词（功能）相关的基因网络，发现新的关键调控通路和靶基因，为进一步实验验证提供依据。 (详情...)

    GenCLiP 2.0系统通过自动筛选和人工编辑（添加或删除）的方式确定基因文献中高频率出现的词汇（即关键词）注释基因的功能，并且采用模糊聚类的方法将注释结果列表进行分组，将相关程度高的关键词归为一组，使用户容易找到感兴趣的注释以及和它们相关的注释。另外系统还可以对注释及基因进行平均连锁等级聚类产生热图，更加直观地挖掘基因和注释内在的联系。(详情...)

    GenCLiP 2.0高准确率地从文献中自动提取了分子相互作用，整合公共数据库人工注释的蛋白-蛋白相互作用，全面搜集它们的文献背景知识，包括句子和摘要，以此根据用户指定的关键词构建分子网络，从而探索分析基因在特定的生物学现象、疾病等环境下的作用关系，有助于阐明疾病的分子机制，推测疾病的发病机理，寻找关键通路和靶基因。(详情...)

    GenCLiP 2.0除了文献挖掘功能外还综合了其它权威数据库的资源，提供了GO和通路的聚类分析，通路数据来源于KEGG、REACTOME、BIOCARTA，由GSEA汇总。帮助科研人员把目标注释生成基于文献的基因聚类图。(详情...)

4）关键词相关基因检索功能
    GenCLiP 2.0在识别摘要和句子中的基因的基础上，为摘要和句子中的单词和词组建立了索引，系统根据用户提交的检索词快速找到与之对应的句子或摘要以及其中的基因，确定与检索词共发生的所有基因。从而帮助用户更便捷地进行基因功能检索。(详情...)

5）基因信息查询
    GenCLiP 2.0是以美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统PubMed为后台数据库。因此，通过GenCLiP 2.0的智能分析，可以更便捷地检索到各种生物学信息。如：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象等。(详情...)

6）单个基因功能注释
    GenCLiP 2.0除了批量基因的分析外，还可以对单个基因进行简单的分析，了解基因的功能，如基因文献关键词、GO功能注释、参与的通路、相互作用的基因和产生网络图。(详情...)

　　经过2年多的研发和测试，生物医药网络文献挖掘系统（GenCLiP 2.0）终于在广州生物医药公共服务平台正式推出，欢迎大家登录使用，希望这个系统能为您的研究带来帮助。
　　虽然我们的研发团队对GenCLiP 2.0进行了反复多次的检验测试，但系统仍需要不断改进完善，希望用户朋友发现问题及时与我们联系并提出意见和建议。
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