基于分子对接技术的小分子化合物虚拟筛选是目前最有潜力的先导 化合物筛选工具。辅以计算机辅助药物设计，能以极快的速度、极低的费用、相对准确地发现新的先导化合物。这极大地促进了新药研发第一阶段的进度，也为其他 研究提供了新的思路。在线分子对接系统的出现更是使得普通的研究者能轻易地操作高性能计算完成大批量分子对接任务。

广州生物医药公共服务平台与上海交通大学医学院医学生物信息学中心合作，联合开发了药物发现 与设计的在线工具——“分子虚拟筛选系统”。其基本原理为：通过对蛋白质的结构分析，选定适当的药物靶点，针对该靶点利用现有的小分子库进行一对一的模拟 分子对接，然后预测小分子的结合模式和结合亲和力。此外，该系统还存储了来源于ZINC数据库的1700多万条小分子数据及众多供应商数据，可为您提供准 确的化合物采购信息。

该系统已正式上线并面向药物研发人员开放使用。

分子虚拟筛选系统网址：http://dock.biotask.cn:8080/BioEngScreen/

技术背景：指纹图谱一直用于相似性搜索与虚拟筛选，本系统采用Daylight FP2分子指纹图谱编码化合物实现化合物搜索。

精确结构搜索:找到与提问结构完全一模一样的化合物。

子结构搜索：找到包含提问结构的化合物。

相似性搜索：找到与提问结构相似的化合物，可以设定相似度（0-1）。

大部分药物通过作用于特点的治疗靶点而发挥生物学效应， “药物-靶点”的关系就好比“钥匙-锁头”的关系，只有当化合物与靶点的结合口袋互补时，这个化合物才能成为该靶点的配体进而具有生物活性的潜力。分子对 接就是一种算法：将数据库中每个化合物以各种构象各种姿势摆放置到靶点口袋里，预测其可能的结合模式与结合亲和力。因此，分子对接技术可以用于结合模式预 测、结合亲和力预测、虚拟筛选。

本系统采用Autodock-Vina作为对接计算引擎主要出于两个方面考虑：1）开源软件，没有知识产权侵权问题；2）足够好的计算精度与计算速度。

为了避免AutoDock Vina计算中受体结构与结构准备的繁琐过程，我们的系统采取了两个措施方便用户进行分子对接计算：1）预先准备好了3900多个靶点的9000多个受体 结构的AutoDock VINA输入文件，用户只需键入靶点名称、PDB代码或Uniprot ID号来查询靶点、选择靶点即可完成靶点的准备工作；2）提供了基于web的化合物结构输入界面，只需画平面2D结构即可完成配体的准备。总的来说，本系 统提供了逐步式引导界面的分子对接模块，使得用户无需药物设计经验就可以轻松完成分子对接计算任务，并获得具有合理性的结果。

为 了让大家更好地了解与应用这个在线分子虚拟筛选系统，广州生物医药公共服务平台的运营方广州生物工程中心与广州市墨灵格信息科技有限公司联合精心设计了以 《分子虚拟筛选系统》为主题的药物设计免费培训课程。培训内容以实用为宗旨、解决实际科研问题为出发点。在培训中可以学习到如何通过分子虚拟筛选与分子对 接实现药物设计；如何从海量的活性数据中提取感兴趣的靶点及其活性化合物信息；并指导如何设计新化合物、预测新化合物的活性。

课程内容：

1. 分子对接与分子相似性搜索
通过简单易用的分子虚拟筛选系统实现分子对接及分子相似性搜索。

2. 分子虚拟筛选的结果分析
如何对虚拟筛选的结果进行分析，指导新化合物的设计、预测新化合物的活性。

本培训适合药物化学专业的老师、学生或企业科研人员参加。首期培训时间为9月18日上午，查看培训详情，请浏览网址：http://www.gzbio.net/web/dongtai/xueshujiaoliu/2015091172216.html