GenCLiP 2.0主要功能是基因的功能注释和分子网络构建，为广大生物医学研究人员提供一站式的服务，并且可以充分依靠他们的专业知识进行信息的深度挖掘。从单个基因检索到批量基因分析；从基因的人工注释到文献关键词自动注释；从自动的文献关键词注释到手动添加自由词注释；词相关基因搜索从基于摘要到基于句子的共发生；从基因网络的自动构建到人工构建自由词的基因网络；从批量基因的模糊聚类到平均连锁等级聚类。
点击PTH1R的记录数“40”,链接基因对的文献出处：
以网页上提供的样本基因，324个鼻咽癌表达上调基因为例。 无论是在输入框输入还是以文本文件（txt格式）上传一组分析基因，格式都为一个基因一行。
提交后显示基因信息，其它按钮为灰色，表示尚未分析
基因信息
如有红字“Attention”提示有基因符号对应了多个基因，可进行修正：
点击“Gene Cluster With Literature Profiles”按钮，短暂的等待后弹出聚类结果。
加载完后弹出基因关键词注释结果，
添加新的词进行注释，可同时输入多个词，以逗号隔开：
重新搜索、返回聚类结果：
去除不需要的关键词注释：
添加新的词并且需要辅助词进行注释：
重新搜索、返回聚类结果：
去除了所选注释，聚类结果随之发生变化：
选择关键词注释产生聚类分析热图：
聚类分析结果：：
点击“Literature Mining Gene Network”，打开基因网络构建的界面：
不加任何条件生成的网络图：
构建与自由词相关的基因网络，并且在网络中显示已知的基因，如果想用某个主题的多个词构建网络，以逗号将词隔开。
生成与“apoptosis,apoptotic”（凋亡）相关的基因网络图：
CDK1和CHEK1相互作用，并且搜索词与它们共同出现在一个句子的文献：
点击“Literature mining”的结果：
点击“Click here”的结果，这两个基因已知与鼻咽癌相关：
点击“GO Analysis”和“Pathway Analysis”，进行分析和自动加载结果：
GO分析结果，选择注释产生聚类分析热图与关键词注释中的操作一致。
Pathway Analysis结果，解释和其他操作与GO的一致。
查找与检索词相关的基因，可以限定检索词与基因共同出现在同个句子或摘要，输入时不需要带除双引号外的其它标点符号，每个词之间用空格隔开，表示在同时出现这些词，词组用双引号表示。
点击基因或数字查看其他基因与搜索词相关的文献：
Pathway Analysis结果，解释和其他操作与GO的一致。
相同的一组基因可以不重新输入，可以回顾已有的分析，或者继续分析。
回顾构建好的基因网络：
