本实验室主要围绕工业生物技术的核心－发酵与酶工程技术，以生物质能源和生物基化学品开发为工程目标，主要结合生物信息学、分子进化技术、组合微生物技术和新型发酵技术，重点解决研究体系中工业生物技术中的理论问题。进一步完善了酶分子进化－工程菌筛选－催化过程偶联的高效率工业生物催化剂筛选体系；构建了以基因芯片和蛋白质组学技术为核心的工业微生物组学研究技术平台，为工业微生物育种和发酵优化研究提供了重要手段；在开展生物催化及油脂加工、传统发酵与酶制剂产业技术提升以及将生物技术在轻纺行业清洁生产和节能减排的研究中形成了特色。目前，已在纤维素酶、脂肪酶、木聚糖酶、纳豆激酶、豆豉纤溶酶的工程菌构建和生产实践中取得重要进展；在生物酶法油脂加工生产等形成了行业优势；并在药用蛋白质研制上形成特色。2013年7月，重点实验室及其依托单位承办的国家科学技术部”首届食品安全评价技术及质量控制国际培训班”顺利结业。