广东省微生物种质资源库分为工业微生物、检测微生物、海洋微生物、益生菌四个子库，广泛分离、收集、保藏、交换和供应各类微生物菌种，截至2013年12月现保存有医药微生物、工业微生物、检测微生物、海洋微生物及普通微生物等多种类微生物菌种合计3343株。本微生物种质资源库自立项建库以来致力于微生物资源的保护、共享、评价创新和持续利用，围绕华南地区生命科学研究、生物技术创新和产业发展等重大需求，探索、发现、收集国内外的微生物资源，妥善长期保存管理；在保证生物安全和保护知识产权的前提下，为工农业生产、卫生健康、环境保护、科研教育提供微生物物种资源、基因资源、信息资源和专业技术服务。