GenCLiP 2.0主要功能是基因的功能注释和分子网络构建，为广大生物医学研究人员提供一站式的服务，并且可以充分依靠他们的专业知识进行信息的深度挖掘。从单个基因检索到批量基因分析；从基因的人工注释到文献关键词自动注释；从自动的文献关键词注释到手动添加自由词注释；词相关基因搜索从基于摘要到基于句子的共发生；从基因网络的自动构建到人工构建自由词的基因网络；从批量基因的模糊聚类到平均连锁等级聚类。
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